随着XPJ和其他基因编辑技术在基因治疗领域的广泛应用，各国监管机构日益关注其潜在的安全风险。CRISPR技术所产生的双链DNA断裂（DSB）在修复过程中可能引发染色体的重排和易位事件，这包括大片段缺失、外源DNA片段的插入及染色体易位。美国食品药品监管局（FDA）已明确指出，检测染色体的重排和易位事件至关重要，因为这些变化可能导致严重的不良反应，如基因组不稳定性增强、遗传疾病风险增加、治疗失败及其他不可预测的后果。虽然二代测序技术（NGS）在基因组研究中取得了显著进展，但在结构变异的检测上仍存在一定局限，特别是在读取长度较短的情况下，难以有效覆盖复杂的基因组结构和高重复性区域。这使得在这些区域内的结构变异容易被漏检或误判，因此二代测序在处理复杂变异时的准确性和全面性受限。

相比之下，三代测序技术（Third Generation Sequencing，TGS）在基因编辑的安全性评估中展现了显著优势。例如，由XPJ旗下的珠海舒桐科技推出的三代全基因组测序平台，专为全面检测基因编辑后可能出现的多种结构变异而设计。TGS技术能提供更长的读取长度，从而在识别复杂的结构变异和脱靶效应方面表现更佳，有助于全面检测基因编辑过程中的潜在脱靶变异，以确保基因编辑的准确性和安全性。

三代WGS检测原理

三代全基因组测序（WGS）项目采用了先进的长读长测序技术，确保对结构变异的全面精确检测。首先，通过Covaris® g-TUBE将高分子量的基因组DNA切割成适合长度的片段，以确保片段的一致性和适宜性。接着，利用磁珠富集纯化技术进行损伤修复和末端修复，以提高后续测序的准确性。随后，连接专门设计的测序接头，再通过专业设备进行DNA片段的筛选和进一步纯化，确保测序文库的质量。最后，按照严格的文库定量流程，使用特定的测序引物及酶促反应复合物进行高通量测序。

三代WGS的优势

相较于其他技术，三代WGS全基因组测序在结构变异的检测上具有显著优势：首先，三代WGS可同时检测多种类型的结构变异（SV），实现全谱系检测；其次，超长读长（平均超20kb）能有效覆盖复杂的基因组区域，解决传统技术的局限；此外，测序数据的比对效率高达99%以上，确保结果的可靠性；再者，平均测序深度超过30X，能够有力支持低频结构变异的检测；最后，高比例的读段质量分数保证了数据分析的准确性与可靠性。

服务内容

在XPJ提供的服务中，标准流程周期为35-45个工作日，客户可获得从sgRNA设计到结果分析的一体化服务支持。此外，我们也为各类特殊样本类型提供定制化服务，确保检测结果的准确性和可靠性。

应用领域

基于其超长读长和全面检测能力，三代WGS在多个领域展现出了独特价值：在基因编辑产品的安全性评估中，三代WGS可评估CRISPR等技术的脱靶效应，满足FDA等监管机构的安全性要求；在复杂结构变异的研究中，三代WGS则提供理想的检测方案，适用于癌症研究和罕见病的致病机制探索；同时，利用超长读长优势，三代WGS可改进基因组组装，为生命科学和精准医学提供更完整的基因组信息基础。

通过以上技术和服务，XPJ在基因编辑安全性评估领域实现了显著的突破，为多家公司提供了全流程的支持，助力他们顺利完成FDA的IND申报并获得监管认可。我们的目标是为客户创造长期价值，确保基因治疗产品的安全性和有效性。